水質指標由GB5749-2006的106項調整為97項，包括常規指標43項和擴展指標 54 項；
增加了4項指標，包括高氯酸鹽、乙草胺、2-甲基異莰醇、土臭素；
刪除了13項指標，包括耐熱大腸菌群、三氯乙醛、硫化物、氯化氰（以 CN-計）、六六六（總量）、對硫磷、甲基對硫磷、林丹、滴滴涕、甲醛、1,1,1- 三氯乙烷、1,2-二氯苯和乙苯；
參考指標由28項調整為55項，其中，17項新增，12項由原標準水質指標轉入(1項常規，11項非常規)，2-甲基異莰醇(2-MIB)、土臭素2項指標轉為水質指標。增加了總β放射性指標進行核素分析評價的具體要求及微囊藻毒素-LR指標的適用情況;
1、7項指標由原非常規指標調整為常規指標
考慮到氯化消毒的廣泛采用，消毒副產物在飲用水中檢出率較高，且有較強的健康效應，因此一氯二溴甲烷、二氯一溴甲烷、三溴甲烷、三鹵甲烷、二氯乙酸、三氯乙酸等6項指標由原來的非常規指標調整為常規指標。由此可見，消毒副產物的受重視程度進一步提升。
鑒于氨（以N計）能反映水體受生活污水等污染的程度，且其濃度對凈水工藝，特別是消毒劑的投加控制具有重要影響，因此，將氨（以N計）由原來的非常規指標調整為常規指標。
2、12項指標從原非常規調整為參考指標
結合多部門水質調查、檢測結果以及相關毒理學證據，新標準將三氯乙醛（從原0.01mg/L放寬到0.1mg/L）、硫化物、六六六（總量）、對硫磷、甲基對硫磷、林丹、滴滴涕、甲醛、1,1,1-三氯乙烷、1,2-二氯苯、乙苯、氯化氰等12項指標從原非常規調整至參考指標。
3、4項指標由原常規指標調整為擴展指標
鑒于我國飲用水中硒、四氯化碳、揮發酚類（以苯酚計）和陰離子合成洗滌劑等4項指標超標率較低，僅為局部點狀污染或區域性污染，新國標將上述四項指標由原常規指標調整為擴展指標。
